序列对齐
C语言中的Smith-Waterman和Needleman-Wunsch对齐网址: : 作者:艾萨克·特纳(Isaac Turner) 许可证:公共领域更新时间:2015年8月18日
关于
最佳局部(Smith-Waterman)和全局(Needleman-Wunsch)对齐算法的C实现。 编写为快速,便携式和易于使用。 命令行实用程序smith_waterman和needleman_wunsch提供了极大的灵活性。 代码也可以轻松地包含在第三方程序中,有关示例,请参见nw_example/和sw_example/目录。 还包括perl模块,以向程序提供perl API。
特征:
对齐任意一对ASCII序列(DNA,蛋白质,单词等)
指定比对评分系统或选择通用的评分系统(BLOSUM等)
指定与给定分数的任何字符匹配的通配符
与局部和全局对齐之间不存在不匹配( --
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