对齐 执行序列比对。 对齐既可以是全局的也可以是局部的，也可以是相互的或不相互的。 介绍 align是一个Python模块，可提供全局和局部序列比对的常规实现（阅读：不限于生物信息学）。 对齐可以进一步是相互的和非相互的。 相互比对是序列比对，其中两个序列都是缺口插入的候选者，而非相互比对仅允许缺口插入第二序列。 它以C语言实现以提高速度，并与Cython封装在一起，以简化Python的使用。 使用的算法是Needleman-Wunsch（用于全局对齐）和Smith-Waterman（用于局部对齐）。 align使用一个对称的numpy.ndarray作为得分矩阵，该矩阵必须为numpy.int16 。 它还支持迭代比对（将一个序列与另一个已经包含缺口的序列进行比对）。 要使用此功能，评分矩阵的形状必须为（257，257），最后一行和最后一列用于对固定间隙和字母符号的匹配项进行评分。

使用动态规划化方法实现序列比对算法，有详细注解

该工具主要用于核苷酸及氨基酸序列比对、引物设计、载体设计等，使用简单、直观。

序列对齐 C语言中的Smith-Waterman和Needleman-Wunsch对齐网址： ： 作者：艾萨克·特纳（Isaac Turner） 许可证：公共领域更新时间：2015年8月18日 关于 最佳局部（Smith-Waterman）和全局（Needleman-Wunsch）对齐算法的C实现。 编写为快速，便携式和易于使用。 命令行实用程序smith_waterman和needleman_wunsch提供了极大的灵活性。 代码也可以轻松地包含在第三方程序中，有关示例，请参见nw_example/和sw_example/目录。 还包括perl模块，以向程序提供perl API。 特征： 对齐任意一对ASCII序列（DNA，蛋白质，单词等） 指定比对评分系统或选择通用的评分系统（BLOSUM等） 指定与给定分数的任何字符匹配的通配符 与局部和全局对齐之间不存在不匹配（ --

将人类HEXA基因和老鼠的作比对，发现差异，有利于疾病根源的确定。

基于布尔逻辑的双序列比对协处理器的设计与实现.pdf

贸易总协定 一个Python程序，用于分析多个序列比对并比较两组物种之间的氨基酸特性

一个很不错的DNA序列分析软件，集序列比对、进化树构建于一身。

本人独家编写，88分毕业设计+论文绝对独一无二

软件介绍: MEGA6.06是分子生物学中应用研究中很基础的一个免费转件，安装后可支持fasta、txt的序列文件格式； 主要功能是对核酸、蛋白质的序列比对、序列分析和进化树作图等分析计算；