一个强大的应用程序，旨在提供一种手段的看着生物分子系统进行分子分析或类似模拟的任务 分子分析或生物系统的可视化可能听起来很复杂的活动，而事实是，他们实际上是相当复杂的。通常情况下，只有专家和那些研究物理学的人会遇到这些概念的定期进行，但由于与它们关系密切的软件应用程序，几乎所有人都能得到洞察力上什么这是所有关于。

本文件目的是为了应对过慢的下载。侵删 A pair_style quip command which wraps the QUIP libAtoms library, which includes a variety of interatomic poten-tials, including Gaussian Approximation Potential (GAP) models developed by the Cambridge University group.To use this package you must have the QUIP libAtoms library available on your system. Author: Albert Bartok (Cambridge University)

使用分子动力学模拟了由严重压缩变形导致的多晶材料中的晶粒细化。 制备了一个简化的模型，该模型具有被周期性边界包围的四个方形晶粒，并通过缩短y方向的长度来施加压缩变形。 模型首先发生弹性变形，压缩应力单调增加。 然后开始非弹性变形，应力急剧下降。 在那一刻，位错或滑动开始于晶界或三重结，然后在晶粒内扩散。 然后在一些晶粒中产生新的晶粒边界，并出现亚晶粒。 最后，获得具有细化晶粒的显微组织。 使用两种类型的晶粒排列和三种不同的晶体取向组合来模拟此过程。 在每种情况下，晶粒细化通常以类似的方式进行，而详细的非弹性变形和晶粒细化行为则取决于初始的微观结构。

Lammps计算输入文件 # 2d LJ crack simulation(问题的基本初始化) dimension 2 #2维分子动力学模拟 boundary s s p #x,y方向不存在周期边界条件，z方向周期边界条件。 atom_style atomic #原子类型（金属） Neighbor 0.3 bin #建近邻表参数（rc+0.3）bin表示为近邻表类型。 neigh_modify delay 5 #间隔多少载荷步重新形成近邻表

保守值法matlab代码与MD的接触角 Matlab代码可通过分子动力学模拟计算固液接触角 这些Matlab代码通过固体基质上液滴的分子动力学模拟来计算固液接触角。 所有代码都读取LAMMPS轨迹文件。 有关每种方法背后的理论以及适当引用代码的更多详细信息，请参阅以下出版物： Khalkhali M，Kazemi N，Zhang H，Liu Q，“纳米尺度的润湿：原子模拟研究”，《化学物理学报》 146，114704（2017） 您可以在每个文件夹中找到什么： Fan ：MATLAB文件，根据CF Fan和T.Cain在《化学物理学报》 103，9053（1995） （]中概述的方法来计算固液接触角。 Hautman ：根据J. Hautman和ML Klein，Physical Review Letters 67，1763（1991） （]中概述的方法，计算MATLAB的固液接触角。 MK ：MATLAB文件，用于根据Khalkhali M，Kazemi N，Zhang H，Liu Q，《化学物理学报》 146、114704（2017）中概述的方法计算固液接触角。 Ruijter ：

lammps分子动力学、gromacs分子动力学、与第一性原理vasp

D.使用EAM势模拟Ni的剪切行为 v upper lower mobile z x y Ni FCC 晶格

matlab代码中cubic是的英文介绍 这是用于将森林建模为碳源和汇的系统动力学仿真。 测得的主要指标是大气中二氧化碳随时间的净变化。 该模型包括一个动态增长的森林。 基于森林和不可再生的替代产品的制造，回收，能源回收和废物处理（以及这些过程的二氧化碳成本）； 并使用不可更新的替代产品为替代效果建模。 该项目是阿尔托大学课程MS-E2177-运筹学案例研究研讨会中的五个项目主题之一。 该项目和模拟的最初作者是Cosmo Jenytin（），Sonja Kokkonen（），Roni Sihvonen（）和Joanna Simms（），这是在数学和系统分析系研究运筹学的四个硕士生。 为期四个月的课程于2020年1月开始，持续到5月底。 森林作为碳源和汇的系统动力学建模 该项目的目的是利用系统动力学来模拟林业中的碳循环。 更具体地说，该想法是为整个芬兰森林产业和芬兰生物森林建模。 这是通过开发一个交互式工具来完成的，以帮助我们了解不同参数和产品对碳排放净影响的影响。 目标主要是教育–增进概念理解并支持专家的可持续目标。 目标受众是专家或私有林所有者。 模型的交互性和可视性支持该项目的教育

分子动力学模拟的一些理论和实践

这个是lammps官网的第二个例子，里面有我个人的注释，几乎每行都有，能够快速学习，这个和第一个例子程序差不多，举一反三，第一个例子的程序差不多就会了。。