新抗原开发
IM5 / IM6 / WES / WGS的MHC I类新抗原预测管道。 取正常.bam和体细胞.maf并生成HLA-A / B / C的新抗原预测。
管道有四个主要步骤:
基因型HLA 。 使用POLYSOLVER进行基因分型。
构建突变的肽。 对于非同义突变,基于HGVSc生成突变的肽序列。 注意:应该使用cmo_maf2maf --version 1.6.14 --vep-release 88使用此EXACT VERSION对.maf文件进行VEP注释。 TODO:生成融合的突变序列。
运行NetMHCpan-4.0和NetMHC-4.0 。 为每种算法使用默认参数。
后处理。 编译两种算法的预测,并为每个非同义词突变找到最强的结合词。 同样,针对整个参考肽组搜索每个预测的新肽,以确保它是真正的新肽。 is_in_wt_peptidome列反映了这一点。 待办事
2021-11-22 14:26:27
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Python
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