neoantigen-dev：WESWGS的新抗原预测-源码

新抗原开发 IM5 / IM6 / WES / WGS的MHC I类新抗原预测管道。 取正常.bam和体细胞.maf并生成HLA-A / B / C的新抗原预测。 管道有四个主要步骤： 基因型HLA 。 使用POLYSOLVER进行基因分型。 构建突变的肽。 对于非同义突变，基于HGVSc生成突变的肽序列。 注意：应该使用cmo_maf2maf --version 1.6.14 --vep-release 88使用此EXACT VERSION对.maf文件进行VEP注释。 TODO：生成融合的突变序列。 运行NetMHCpan-4.0和NetMHC-4.0 。 为每种算法使用默认参数。 后处理。 编译两种算法的预测，并为每个非同义词突变找到最强的结合词。 同样，针对整个参考肽组搜索每个预测的新肽，以确保它是真正的新肽。 is_in_wt_peptidome列反映了这一点。 待办事