使用 Tim 的估算 GBS 玉米数据折叠站点频谱
从 PANZEA 获取数据
wget http://www.panzea.org/dynamic/derivative_data/genotypes/AmesUSInbreds_AllZeaGBSv1.0_imputed-130508.zip
使用 TASSEL 将 hmp.txt.gz 数据重新格式化为按染色体 plink 格式:
for file in *.gz
do
echo "$file: " $(run_pipeline.pl -Xmx15g -fork1 -h $file -export -exportType Plink -runfork1)
done
合并 plink 文件以制作一个文件 - 而不是 10 个染色体文件:
plink --file AmesUSInbreds_AllZeaGBSv1
2021-07-21 12:10:17
69.82MB
R
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