批量处理
简单的工作流程即可量化基因水平的RNA丰度并检测大量RNAseq样品中的差异表达基因(DEG)。 管道使用kallisto量化笔录级别的丰度,并使用DESeq2标准化计数和检测DEG。
安装
安装Anaconda或Miniconda,然后conda install snakemake
从下载适当的kallisto参考或自行构建
克隆存储库
在samples.csv描述您的samples.csv
修改config.yaml的设置
(可选)如果计划使用SLURM集群,请在run_pipeline.sh填写#SBATCH指令,并在cluster.json填写out和account字段
(可选)如果要在Singularity环境中运行管道以实现完全可重复性,请安装Singularity。 run_pipeline假定已安装奇点。 如果要使用奇点环境跳过,请删除--use-singul
2021-07-20 22:17:40
9KB
Python
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