遗传算法(2D-HP 蛋白质折叠)
为 2D-HP 蛋白质折叠模型开发的遗传算法。 该应用程序将创建初始构象(蛋白质折叠),然后应用选择,突变和交叉。
安装
该存储库包含一个 Visual Studio 2013 项目,该项目包括所有依赖项并且可以立即运行。
一般概念
一个构象包含元素
元素是亲水的还是不是
元素相对于构象的位置
元素的方向指向后继位置(左,右,直)
选拔
支持以下选择方法:
健身比例
基于概率的锦标赛
单淘汰赛
“最佳胜利”锦标赛
可以指定锦标赛大小(构象数量)。
记录中
该算法自动记录一个runthrough到average.txt其包含一个人口每一代的平均能量文件。 这可以用于生成如下图(平均垂直能量,水平生成数):
此外,还提供了testTournaments和testRates函数,它们都使用一组参数,对算法进行一次运行。 然后他们稍微更改参数并进行另一次运
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