fastq-scan从 STDIN 读取 FASTQ 并以 JSON 格式输出汇总统计信息(读取长度、每次读取质量、每个碱基质量)。
快速扫描
我想要一种以 JSON 格式输出输入 FASTQ 的简单汇总统计信息的快速方法。 有(可能更好)的替代方案,包括和 ,但它们没有输出我想要的 JSON。 在谷歌搜索后,我偶然发现了映泰的问题: . 在这个问题中,我使用了来自 Pierre Lindenbaum 的 C++ 解决方案的代码作为这个程序的基础。
安装
Bioconda
fastq-scan在上。
conda install -c bioconda fastq-scan
从源头
git clone git@github.com:rpetit3/fastq-scan.git
cd fastq-scan
make
这将使用 g++ 编译程序,我会让你处理把它放在哪里。 我已经在 g
2021-05-29 16:02:37
30KB
C++
1