脑MRI序列的预处理
这是对ADNI数据集的大脑MR图像进行预处理的管道通过使用FMRIB软件库( FSL )和高级归一化工具( ANTs )。
1.安装FSL和ANT
按照说明下载并安装FSL 。 从或源代码编译ANT 。
2.安装Python软件包
所有必需的库如下所示:
tqdm
麻木
科学的
py
尼巴贝
matplotlib
sciKit-fuzzy(可选)
scikit-learn(可选)
3.下载数据集
此仓库中使用的数据集是ADNI1和ADNI2的AD和NC筛选图像。 见。
这是原始图像的一个样本。
4.重新组织文件
将工作目录切换到src 。 运行reorgnize.py,它将ADNI1和ADNI2合并到一个文件夹中。
python reorgnize.py
5.注册
运行registraion.py通过FSL FLIRT将图像转换为模板的坐标系。
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