马尔可夫状态模型的构建与验证
该存储库显示了一个简单的马尔可夫状态模型的演示。 尽管该项目本身保持相当通用,但这里研究的系统是受生物物理学启发的。
这里涵盖的问题是粒子在双势势中的一维运动,如下所示。
然后将系统分为两个核心状态“左”和“右”:
然后,根据这样定义的状态是否产生有效的马尔可夫状态模型(MSM),对这两个状态的动力学进行了研究。
代码本身包含在这两个文件MSM_simulation.py和plotting_functions.py ,而结果可在jupyter笔记本中可以看出markov_state_model.ipynb 。 笔记本包含一些乳胶方程,在github上打开时无法正确显示。 因此,如果您想浏览整个项目,则最好至少下载jupyter笔记本,以查看正确格式化的所有markdown单元。
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