宾纳
binner是一个用于处理 DNA 指纹数据的 R 包。 目前,它提供了完整的AFLP分析工作流程:
读取 ABI .fsa文件
归一化电泳图
识别和调整峰值
查看单个电泳图
删除、添加和重命名样本
使用RawGeno算法自动分峰
生成存在-不存在矩阵以在 R 中进行进一步分析(或导出以供其他程序使用,如果您愿意)
安装
您可以使用 Hadley Wickham 的包安装binner 。
install.packages("devtools")
install_github("plantarum/binner")
帮助
包裹没有小插图。 我在函数readFSA的帮助文件中提供了一个相当完整的示例。 用 R 用?readFSA打开它(当然在你加载了 biner 之后)。
备择方案
您可能还想考虑两种基于 R 的替代方案:
RawGeno当前需要使用第二个程序来读取原始 fsa 数
2021-12-11 19:06:53
671KB
R
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