MSMBuilder的 MSMBuilder是一个python软件包，它为高维时间序列实现了一系列统计模型。 它特别专注于生物分子动力学的原子模拟的分析。 例如，MSMBuilder已用于通过分子动力学（MD）模拟对蛋白质折叠和构象变化进行建模。 LGPL（v2.1或更高版本）提供MSMBuilder。 功能包括： 将特征提取到二面体，联系方式等中 具有多种算法的几何聚类。 使用时间结构独立成分分析（tICA）和主成分分析（PCA）进行降维。 马尔可夫状态模型（MSM）的构造 率矩阵MSM构造 隐藏马尔可夫模型（HMM）构造 时标和过渡路径分析。 在查看文档，并加入。 有关MSMBuilder的更广泛概述，请看一下我们的。 安装 对于优选的安装机构msmbuilder与conda ： $ conda install -c omnia msmbuilder 如果您没有cond

Cellulose-builder 是一个用户友好的程序，可以构建不同尺寸和几何形状的纤维素晶体结构。该程序以蛋白质数据库格式为指定结构的所有原子生成笛卡尔坐标，适合用作分子动力学模拟和其他计算中的起始配置。纤维素多晶型物 Iα、Iβ、II 和 III I的晶体结构实际上任何尺寸的纤维都可以很容易地构建，包括平行六面体、任何长度的植物细胞壁纤维素基本原纤维和单层。

gnina（发音为NEE-na）是一个分子对接程序，具有使用卷积神经网络对配体进行评分和优化的综合支持。 这是的叉子，是的叉子。 帮助 请。 提供一个示例Colab笔记本，其中显示了如何使用gnina。 引文 如果您发现gnina有用，请引用我们的论文： GNINA 1.0：分子对接与深度学习（主要应用引用） 阿McNutt，P Francoeur，R Aggarwal，T Masuda，R Meli，M Ragoza，J Sunseri，DR Koes。 ChemRxiv，2021年 卷积神经网络的蛋白质配体评分（主要方法引用） M Ragoza，J Hochuli，E Idrobo，J Sunseri，DR Koes。 J.化学。 Inf。 模型，2017 基于原子网格的卷积神经网络的配体姿态优化M Ragoza，L Turner和DR Koes。 分子与材料的机器学习NIP

适用于SMILES（简化的分子输入行输入系统）文件的3D渲染应用程序 用于教育和示范目的。 应用程序接受，使用方法将SMILES字符串从文件转换为具有坐标的，应用程序利用库（）显示3D复合模型。 在开发过程中，我发现不是真正JavaScript库，也不是JQuery插件，并且由于我没有时间将其重写为Vue.js组件，因此我最终将其构建改版为Vue。 js应用。 一些主要功能： 用。渐进式JavaScript框架。 演示与交互。 利用进行3D模型渲染。 有验证步骤，仅接受有效的SMILES文件。 在所有浏览器（包括移动设备）上都很好用！ （感谢响应式网页设计） 支持多个文件的转换和渲染。 具有拖放功能。 使用SASS / SCSS进行样式设置。 已经彻底注释了代码。 演示 感谢，可以在实时演示。 手机浏览器问题 虽然该应用程序具有自适应设计，并且可以适应从最小的iPho

酮醇酸还原异构酶抑制剂的分子对接法设计与生物活性，王宝雷 ，马翼，酮醇酸还原异构酶（KARI）是一个有前景的除草剂靶标酶，有关其抑制剂的设计研究鲜有报道。在文献报道的菠菜KARI酶复合物0.165 nm高分�

约化分子电距矢量用于茎用莴苣花挥发性组分的结构表征及气相色谱保留时间的预测，李建凤，廖立敏，本文将分子电距矢量进行了约化研究，形成了结构描述子---约化分子电距矢量(MEDVR)，并将其用于茎用莴苣花挥发油的37种组分的结构表征

温度对短链多烯生物分子β胡萝卜素拉曼光谱的影响，王微微，李亮，测量了含9个CC共轭双键的β胡萝卜素分子在二甲基亚砜中25ºC-73ºC温度范围内的拉曼光谱。实验结果表明，短链多烯生物分子β胡萝�

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