z_pmf:使用加权直方图分析方法 (WHAM) 从伞状采样模拟计算平均力 (PMF) 的潜力-源码

该程序用于使用 Benoît Roux (Roux B. Comput Phys Comm. 1995;91:275–) 的工作中概述的加权直方图分析方法 (WHAM) 从伞状采样模拟中计算平均力 (PMF) 的潜力282.）。 该程序尚未经过彻底测试！！！ 该计划的当前限制包括： 仅可用于 GROMACS 模拟包中的数据。 仅可用于一维 PMF。 输入数据必须是来自 GROMACS 的 pullx.xvg 格式，尚未实现 pullf.xvg 的使用。 几个重要参数是硬编码的，包括温度和直方图范围。 此程序需要以下库： Boost 库（特别是 boost 文件系统、boost 系统和 boost program_options） 该计划存在的主要原因是： 我需要彻底了解WHAM的实现。 Grossfield 的 wham 程序需要一个复杂的元数据文件。 该文件中的大部