ssw:SIMD Smith-Waterman 库的 Python 接口-源码

#SSW：SIMD Smith-Waterman的Python包装器 概述 是 Smith-Waterman 算法的快速实现，它使用单指令多数据 (SIMD) 指令在 CPU 级别并行化算法。 这个存储库将 SSW 库包装成一个易于安装的高级 python 接口，没有外部库依赖项。 SSW 库由Mengyao Zhao 和Wan-Ping Lee 编写，这个python 接口由Giles Hall 维护。 安装 要安装 SSW python 包，请使用 pip： $ pip install ssw 示例用法 import ssw aligner = ssw.Aligner() alignment = aligner.align(reference="ACGTGAGAATTATGGCGCTGTGATT", query="ACGTGAGAATTATGCGCTGTGATT") print