biosample_metadata:从NCBI中的生物样品中提取元数据
biosample_metadata
该工具支持将BioSample元数据提取到用户友好表中。 假设您将提供有效的BioSamples列表并写出表格。
如果提供了现有表，它将用于使用提供或添加的样本集合中存在的其他列来更新该表。
用法
biosample2table [ --in sample_list.txt] [--sample sampleid sampleid2 ...] --out result_table.tsv [--update]
争论
描述
-o /-出
将表写出到该文件（如果该文件已存在），将其解析并重用现有数据，然后添加到该文件中。 将使用文件扩展名（.tab / .tsv或.csv）确定输出格式（如果扩展名不匹配，则默认为制表符分隔的格式）。 如果省略--out ，将写入STDOUT（但是当然将无法使用以前缓存的结果）
- 更新
使用现有表获取样本ID，还可
文件下载
资源详情
[{"title":"（ 3 个子文件 3KB ） biosample_metadata:从NCBI中的生物样品中提取元数据","children":[{"title":"biosample_metadata-main","children":[{"title":"LICENSE <span style='color:#111;'> 1.06KB </span>","children":null,"spread":false},{"title":"README.md <span style='color:#111;'> 1.29KB </span>","children":null,"spread":false},{"title":".gitignore <span style='color:#111;'> 1.76KB </span>","children":null,"spread":false}],"spread":true}],"spread":true}]
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