Li-eQTL-2018:欧洲油菜 QTL 和 eQTL 论文的脚本-源码

Li-eQTL-2018 欧洲油菜 QTL 和 eQTL 论文的脚本 该存储库包含 Li 等人的脚本、输入和输出数据。 2018 年关于欧洲油菜 QTL 和 eQTL。 主要脚本是脚本文件夹中的 .MD 和 .RMD 文件。 从原始表型数据开始，绘制直方图，检查表型性状之间的 Pearson 相关性，并计算广义遗传力 包括到存储库的链接，该存储库对时间序列数据进行增长模型拟合。 生长模型使用 R 包 brms 拟合生长模型，其中使用当前数据集的统计数据作为先验，应用多级模型来解释每个 F2 植物的随机效应，并使用 BIC/AIC 等评估模型。 从 RNAseq 计数开始，TMM 归一化并拟合 edgeR 中的 glm 模型进行基因表达分析。 差异表达基因的GO富集结果显示在文件中。 显示了使用 Freebayes 和 GATK 的 SNP 调用管道、来自 Feebayes 和 G