NGS_DNA:用于Illumina测序的NGS DNA最佳实践管道-比对,变异调用,注释和QC-源码

上传者: 42146888 | 上传时间: 2021-08-29 22:07:10 | 文件大小: 55.21MB | 文件类型: ZIP
NGS_DNA管道 手动的 在上找到安装和使用手册 前处理 在管道的第一个预处理步骤中,将PhiX读段插入每个样本中,以在数据集中创建控件SNP。 随后,检查Illumina编码,并使用FastQC 1计算QC度量。 与参考基因组比对 Burrows-Wheeler Aligner(BWA) 2的bwa-mem命令用于将序列数据与参考基因组进行比对,从而生成SAM(序列比对图)文件。 SAM文件中的读取内容用Sambamba 3排序,从而生成了排序的BAM文件。 在测序过程中使用多个泳道时,使用Sambamba将所有泳道BAM合并为样本BAM。 (合并的)BAM文件使用Sambamba标记为同一读取对的重复项。 变种发现 GATK 4 HaplotypeCaller使用贝叶斯可能性模型针对基因组的每个位置估算比对中最可能的基因型和等位基因频率,而与在该位点是否检测到变体无关。 以后可以

文件下载

资源详情

[{"title":"( 223 个子文件 55.21MB ) NGS_DNA:用于Illumina测序的NGS DNA最佳实践管道-比对,变异调用,注释和QC-源码","children":[{"title":"VariantCalling.sh <span style='color:#111;'> 3.11KB </span>","children":null,"spread":false},{"title":"GenderCalculate.sh <span style='color:#111;'> 1.51KB </span>","children":null,"spread":false},{"title":"VcfToTable.sh <span style='color:#111;'> 1.81KB </span>","children":null,"spread":false},{"title":"VariantGenotyping.sh <span style='color:#111;'> 1.85KB </span>","children":null,"spread":false},{"title":"InSilicoConcordance.sh <span style='color:#111;'> 1.09KB </span>","children":null,"spread":false},{"title":"......","children":null,"spread":false},{"title":"<span style='color:steelblue;'>文件过多,未全部展示</span>","children":null,"spread":false}],"spread":true}]

评论信息

免责申明

【只为小站】的资源来自网友分享,仅供学习研究,请务必在下载后24小时内给予删除,不得用于其他任何用途,否则后果自负。基于互联网的特殊性,【只为小站】 无法对用户传输的作品、信息、内容的权属或合法性、合规性、真实性、科学性、完整权、有效性等进行实质审查;无论 【只为小站】 经营者是否已进行审查,用户均应自行承担因其传输的作品、信息、内容而可能或已经产生的侵权或权属纠纷等法律责任。
本站所有资源不代表本站的观点或立场,基于网友分享,根据中国法律《信息网络传播权保护条例》第二十二条之规定,若资源存在侵权或相关问题请联系本站客服人员,zhiweidada#qq.com,请把#换成@,本站将给予最大的支持与配合,做到及时反馈和处理。关于更多版权及免责申明参见 版权及免责申明