RADseq-popgen-pipeline:为奥本大学脚本课程编写的人口和景观基因组分析脚本-源码

RADseq人口基因组学 奥本大学生物学家脚本课程开发了一种用于RADseq数据的群体基因组分析的管道。 入门 目标 我们的开发流程旨在使用户从从定序器获得与限制性酶切位点相关的DNA序列（RADseq）数据的步骤，到总体基因组推断的起始步骤。 具体地，我们已提供了书面在壳和R 1至解复用的序列数据的脚本和组装位点具有Stacks ，估计人口结构与两个参数和非参数人口的聚类方法（ Admixture和adegenet ），并推断人口结构下面的空间直观具有conStruct模型。 数据 在TM收集的来自276个来自巴哈马，海地和多米尼加共和国的Anolis distichus蜥蜴的双消化RADseq（ddRADseq）数据集上，测试了使用Stacks解复用和组合原始序列数据的脚本。 我们还下载了从RADseq协议获得的基因组数据，并使用两个最流行的RADseq组装程序之一Stacks和Py