EMMCKmer:通过 Kmer 分析表征表观遗传宏基因组基序

上传者: 42134038 | 上传时间: 2022-08-10 16:13:05 | 文件大小: 16KB | 文件类型: ZIP
EMMCKmer Ëpigenetic中号etagenomic中号OTIFÇharacterization由k聚体分析 概述 该工具比较基因组中每个现有 kmer 的 NATIVE 和 WGA 数据之间的 IPD 分布(使用对数似然比),然后使用迭代贪婪程序来识别重要的基序。 此工具的输出是经过显着修改的 kmers 列表。 ##Running 要运行代码,只需键入: sh EMMCkmer.sh [wga.cmp.h5] [nat.cmp.h5] [sample id] [fasta file] [output directory] 输入 这个包装器脚本将 NATIVE 和 WGA 数据的 cmp.h5 文件、SAMPLE 名称、参考基因组的 FASTA 文件和 OUTPUT 目录作为输入。 安装/要求 如果您满足以下要求,则不需要安装任何东西: PacBio 分发的 SMRT

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