上传者: 42133329
|
上传时间: 2021-11-23 12:27:13
|
文件大小: 11KB
|
文件类型: -
PyEntrezId
Python软件包可在各种基因或蛋白质ID之间进行转换
概括
这是我发布的第一个程序包。 任何反馈将不胜感激! 我希望该项目可以作为初学者的示例,说明如何构造/编码简单的生物信息学工具。
我创建此程序包的原因是,我需要一个简单的工具来在用于标识基因,蛋白质等的多个ID之间进行转换。这之所以重要,是因为各种科研机构(NIH,EMBL等)托管的数据库有时具有不同的命名法描述相同的事物(基因,蛋白质,DNA,RNA等)。
讨论链接
Reddit:< >
快速开始
$ pip install --upgrade pyEntrezId
例子
将Ensemble转录本基因ID转换为Entrez基因ID
from PyEntrezId import Conversion
EnsemblId = 'ENST00000407559'
# include your email a