documentation
一年级文件
我们从TERRA-REF的环境数据以及表型和基因型数据文件开始，后来又从KSU和Clemson添加了数据。 我们开发了机器学习/统计模型和贝叶斯信念网络来进行预测。
基因组数据
基因组数据的文档在。 有可用的HapMap文件和。 说明VCF和HapMap文件之间的区别。 HapMap文件是。 最初决定使用HapMap而不是VCF可能是因为已经拥有一个HapMap文件很方便。 VCF文件需要串联。 基因型数据包含有关X品种的信息。
将HapMap文件和表型与一起使用，以使用GWAS查找相关的SNP（HapMap文件中的行）。 GWAS的结果在。 hapmap-slim.vcf文件仅包含被GWAS发现与感兴趣的表型相关的SNP。 HapMap文件的结果不包含任何关于杂合性的信息，因此我们决定使用VCF文件，即使必须先将其串联。
VCF文件已连接在一起，可以在找到。 这些文件已导
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