CRISPR_Screen_Processing:您可以遵循一个基本的工作示例,使用MAGeCK和/或DrugZ进行统一的半自动分析合并的CRISPR筛选数据的数据,进行富集耗尽分析。 有关更多详细信息,请参见自述文件。 测试表文件是模板,不是工作示例-源码

上传者: 42130786 | 上传时间: 2021-08-24 22:48:53 | 文件大小: 4.5MB | 文件类型: ZIP
CRISPR_Screen_Processing 您可以遵循一个基本的工作示例,使用MAGeCK和/或DrugZ进行富集/耗竭分析,以统一的方式半自动分析汇总的CRISPR筛选数据。 有关更多详细信息,请参见自述文件。 测试表文件是模板,而不是工作示例。 内容 主资料夹 CRISPR.sh:bash脚本通过cutadapt,bowtie 1.3和MAGeCK(计数/ RRA测试)处理原始FASTQ文件 drugz.sh:bash脚本处理MAgeCK使用drugz.py脚本生成的计数表 MAGeCK_或DrugZ_ Tests_Table.txt:制表符分隔的表,这些表通知上述bash脚本如何进行富集/耗竭测试(从头到尾:输出名称,治疗组,对照组) 这两个bash脚本均使用脚本顶部指示的默认设置运行,除了thread / cores选项外,所有其他设置均使用相应软件包的默认设置。 Ra

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[{"title":"( 13 个子文件 4.5MB ) CRISPR_Screen_Processing:您可以遵循一个基本的工作示例,使用MAGeCK和/或DrugZ进行统一的半自动分析合并的CRISPR筛选数据的数据,进行富集耗尽分析。 有关更多详细信息,请参见自述文件。 测试表文件是模板,不是工作示例-源码","children":[{"title":"CRISPR_Screen_Processing-main","children":[{"title":"drugz.sh <span style='color:#111;'> 658B </span>","children":null,"spread":false},{"title":"MAGeCK_Tests_Table.txt <span style='color:#111;'> 30B </span>","children":null,"spread":false},{"title":"CRISPR.sh <span style='color:#111;'> 6.20KB </span>","children":null,"spread":false},{"title":"Nat_Comm_BCBL1_Download.sh <span style='color:#111;'> 1.26KB </span>","children":null,"spread":false},{"title":"Libraries","children":[{"title":"Human_GeCKOv2_Full.txt <span style='color:#111;'> 4.87MB </span>","children":null,"spread":false},{"title":"Controls","children":[{"title":"Brunello_controls.txt <span style='color:#111;'> 47.85KB </span>","children":null,"spread":false}],"spread":true},{"title":"Human_GeCKOv2_A.txt <span style='color:#111;'> 2.60MB </span>","children":null,"spread":false},{"title":"Brunello.txt <span style='color:#111;'> 4.52MB </span>","children":null,"spread":false},{"title":"Human_SAM.txt <span style='color:#111;'> 3.29MB </span>","children":null,"spread":false},{"title":"Human_GeCKOv2_B.txt <span style='color:#111;'> 2.27MB </span>","children":null,"spread":false}],"spread":true},{"title":"DrugZ_Tests_Table.txt <span style='color:#111;'> 30B </span>","children":null,"spread":false},{"title":"LICENSE <span style='color:#111;'> 1.04KB </span>","children":null,"spread":false},{"title":"README.md <span style='color:#111;'> 6.56KB </span>","children":null,"spread":false}],"spread":true}],"spread":true}]

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