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上传时间: 2021-12-23 09:30:00
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文件大小: 1.74MB
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文件类型: -
全幻灯片图像分析
背景
全幻灯片图像(WSI)是数百万像素的高分辨率组织病理学图像。 如果直接应用于WSI,传统的分析程序将无法有效工作。 大多数成功的解决方案都采用基于补丁的范例。
概述
当前,此仓库包含用于补丁提取的代码(从WSI),并将不断更新。 :)(准备就绪时,将添加基于深度学习的分类和细分代码)。
补丁提取
从WSI提取补丁时,有几个棘手的部分:
内存限制。 我们实验室的RAM大小为31 GB,几乎无法容纳level0 WSI。 因此,加载整个图像时要小心。 使用del和gc.collect()释放内存也很有帮助。 为了处理level0 / 1/2 WSI,我们需要拆分原始图像。
坐标缩放级别/参考框架。 在read_region()方法处理在水平0参考帧峰会。 因此,当我们使用read_region()方法从WSI裁剪补丁时,需要进行必要的转换。
枕头图像对象和NumP