gwas-power:R函数,用于在各种参数下计算单个关联SNP的GWAS研究的功效。 适用于使用线性回归模型的经典(即单SNP单性状)GWAS研究,即定量性状-源码

上传者: 42129970 | 上传时间: 2021-09-26 17:23:16 | 文件大小: 11KB | 文件类型: ZIP
R
权力 R函数,用于在各种参数下计算单个关联SNP的GWAS研究的功效。 适用于使用线性回归模型的经典(即单SNP单性状)GWAS研究,即用于定量性状。 使用Visscher PM,Wray NR,Zhang Q等人的附录A中介绍的功率计算公式。 GWAS发现的10年:生物学,功能和翻译。 Am J Hum Genet 2017年; 101(1):5-22。 doi:10.1016 / j.ajhg.2017.06.005。 假设其他协变量(如果有)与SNP不相关。 通常将遗传PC作为协变量包含在GWAS中,以进行分层或混合调整。 在这种情况下,如果对SNP进行严格分层,则这些公式将不适用,并且基于模拟的方法可能更可取。 使用卡方统计量,等同于在回归中使用z统计量(卡方统计量是z统计量的平方)。 结果应该与使用基于t统计量的检验非常相似,因为对于大样本量,分布和正态分布之间的差异可以

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