Prodar:Prodar在PDB上搜索候选蛋白质结构比对-开源
Prodar是一个搜索应用程序，可查询PDB以获取候选结构比对。 搜索的输入是从标准（文本）PDB文件中读取的蛋白质骨架结构，返回的结果仅基于骨架的结构相似性，而与序列信息无关。 搜索速度非常快，通常不到一分钟即可搜索到PDB（包含在应用程序中）。 Prodar会识别部分匹配项，因此无论链的相对大小如何，查询结构的较小部分都可以与PDB中其他结构的部分进行匹配。 目的是使该工具自动识别原本不同的蛋白质结构中的共同结构域和基序。 然后可以使用其他工具在结构上对齐这些文件，以找到RMSD（Prodar会提出建议）。 Prodar鼓励采用互动式的发现方式，在此方式中搜索会Swift完善并重新运行。 结果可能令人惊讶！
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