SSAKE::sake:具有短序列读取的基因组组装

谢谢你的 通过 K-mer 搜索和 3' 读取扩展进行短序列组装 雷内·沃伦 2006-2021 描述 SSAKE 是一种基因组学应用程序，用于从头组装数百万个非常短的 DNA 序列。 它是一种易于使用、稳健、可靠且易于处理的组装算法，适用于短序列读取，例如 Illumina Ltd. 生成的那些。 SSAKE 算法是许多基因组学应用程序（例如 VCAKE、QSRA、SHARCGS、SSPACE、JR-Assembler）的核心，它们的设计继续激发新一代组装器（例如 JR-Assembler、PNAS 2013）。 SSAKE 的应用扩展到基因组组装之外，该技术被应用于分析 T 细胞宏基因组、靶向从头组装 (TASR)、支架（LINKS、ARCS）、HLA 分型（HLAminer），并且是在结肠癌中发现梭杆菌的关键，这一发现被《时代》杂志评为 2011 年十大医学突破之一。 根据 ICG