Tax4Fun2:从宏基因组 16S rRNA 数据预测功能谱-开源

Tax4Fun2 正在不断开发中，将取代旧的 Tax4Fun (http://tax4fun.gobics.de/)。 新版本基于 275 个古细菌和 12102 个细菌基因组（RefSeq 中的完整或染色体状态）。 我没有包括 MAG 或非常不完整的基因组，但 Tax4Fun2 的重要特征之一是它能够合并用户数据（支持原核生物和真核生物）。 此外，我们添加了一个功能来计算（多）功能冗余指数。 我添加了一个示例，如何预测功能配置文件和功能冗余。 更多详情：https://www.biorxiv.org/content/early/2018/12/09/490037（请注意，这是预印本，还没有同行评审）。 您需要先在系统上安装 NCBI BLAST+，然后才能使用它。 对于某些功能，您需要安装 R 包 ape 和 seqinr。 我有任何问题或疑问，请与我联系（bwemheu@gwdg.de）。