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上传时间: 2022-03-22 14:02:03
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文件大小: 714KB
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文件类型: -
序列提取
通过给出基因名称从参考基因组中提取序列
rescue.py 和 seq_extract_rescue.py 一起从宇宙文件中拯救缺失的基因。
seq_extract.py 只需要文件名作为输入。 ##seq_extract_rescue.py ####先决条件文件:
GTF文件(基因转换格式)
人类参考基因
宇宙基因列表或基因名称列表
####先决条件系统:
pybedtools
皮萨姆
Python 2.7
####用法:
usage: seq_extract_rescue.py [-h] -g file -t gtf_file -r ref_genome [-o STR]
[-p STR] [-b INT] [-f] [-c]
Extract target genes and generate bloo