dca:深度计数自动编码器可对scRNA-seq数据进行消噪-源码

深度计数自动编码器可对scRNA-seq数据进行消噪 深度计数自动编码器网络使用具有零膨胀负二项式（ZINB）损失功能的深度自动编码器，通过考虑计数结构，数据的过度分散的性质和稀疏性来对scRNA-seq数据进行去噪并消除丢失的影响。 有关更多详细信息，请参见我们的和。 安装 点子 对于count自动编码器和所需软件包的传统Python安装，请使用 $ pip install dca conda 安装计数自动编码器和所需软件包的另一种方法是使用 （最容易通过）。然后运行以下命令。 $ conda install -c bioconda dca 用法 您可以从命令行运行自动编码器： dca matrix.csv results 其中matrix.csv是CSV / TSV格式的原始计数矩阵，其基因位于行中，单元格位于列中。细胞和基因标签是强制性的。 结果 输出文件夹包含主输出文件（代表Z