masif:MaSIF-分子表面相互作用指纹图。 几何深度学习破译分子表面的图案-源码

MaSIF-分子表面相互作用指纹：进行几何深度学习以破译蛋白质分子表面中的图案。 目录： Docker容器 执照 参考 描述 MaSIF是一种概念验证方法，可解密对于特定生物分子相互作用至关重要的蛋白质表面中的模式。 为此，MaSIF利用了几何深度学习领域的技术。 首先，MaSIF将表面分解为具有固定测地线半径的重叠径向小块，其中每个点都分配有一系列几何和化学特征。 然后，MaSIF为每个表面补丁计算一个描述符，该描述符是对补丁中存在的特征的描述进行编码的向量。 然后，可以在一组附加层中处理此描述符，在其中可以对不同的交互进行分类。 每个描述符和最终输出中编码的功能取决于特定于应用程序的训练数据和优化目标，这意味着可以将同一体系结构重新用于各种任务。 该存储库包含一个协议，用于将蛋白质结构文件准备为功能丰富的表面（具有几何和化学特征），将其分解为补丁，以及基于tensorflow的神经