wgs-Analysis-process:使用gatk进行wgs全基因组分析寻找SNP变异的流程

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wgs全基因组序列比对流程用到的软件过程步骤一. 下载准备需要的文件下载参考序列基因组文件 1.建立索引 bwa index ref.fasta 完成之后会看到几个ref.fasta为前缀的文件为参考序列生成dict文件 gatk CreateSequenceDictionary -R ref.fasta -O ref.dict samtools 建索引 samtools faidx ref.fasta 下载测序文件 fastaq-dump --split-files SRR***** 下载的文件是双末端测序从两端读的read1和read2 >> 用bgzip压缩 bgzip seq1_.fasta bgzip seq2_.fasta 二.处理文件将read比对到参考基因组 bwa mem -t 4 -R '@RG\tID:foo\tPL:illumina\tSM:

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