spede-sampler-py:一个Python GUI,它(1)随机地对Fasta文件重新采样,并且(2)使用FastTree和RAxML为每个文件创建ML系统发育。 然后需要在R Shiny App中运行这些输出树以运行GMYC分析

上传者: 42114046 | 上传时间: 2022-12-26 14:26:36 | 文件大小: 949KB | 文件类型: ZIP
克拉克·范·史丹顿(Clarke van Steenderen) 动物学与昆虫学系南非东开普省Makhanda(Grahamstown)的Rhodes University 2021年电子邮件: :pencil: 功能性 SPEDE-SAMPLER是用Python和R编写的GUI程序,用于使用GMCY方法评估采样对物种划界的影响。 该程序提供以下内容: 读取对齐的Fasta文件,并随机选择n次序列p次。 这些文件保存在输出文件夹中。 例如,可以上传十个COI序列的序列比对。 用户可能希望随机选择该数据集的50%而不进行替换,并将此过程重复15次。 因此,该程序会将15个Fasta文件写到一个文件夹中,其中每个文件包含五个序列的随机选择。 循环遍历输出文件夹,以为每个重新采样的Fasta文件产生最大似然(ML)系统发育。 有两种ML程序可用:FastTree和RAxML。 循环遍历每个ML系统

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