upgma:buildUPGMA.py是执行UPGMA算法并为给定序列输出指导树的程序
UPGMA
目的：在FASTA文件中给定n个DNA序列，即2 <n <25，使用UPGMA算法实现“指南树构建”。 输出将以Newick树格式（ ）。
buildUPGMA.py
buildUPGMA.py是执行UPGMA算法并为给定序列输出指导树的程序。
安装
buildUPGMA.py使用Python 3标准库。 如果您以前安装过Python 3，则不需要其他软件包。 否则，您可以从“ ”安装Python 3。 确保为操作系统选择了适当的发行版。
用法
您可以使用终端运行该程序。
语法：
“ python buildUPGMA.py --fasta sequence.fasta --gap $ {gap_penalty} --match $ {match_score} --mismatch $ {mismatch_penalty} --out sequence.tree”
文件下载
资源详情
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