PredictingADRegulatoryImmuneCells:预测AD SNP在免疫细胞类型中的调控活性-源码
预测AD调节性免疫细胞
预测AD SNP在免疫细胞类型中的调控活性。 在CMU的Pfenning Lab完成硕士论文工作。 由Andreas Pfenning，Easwaran Ramamurthy监督。
文件指南
cnn.py用于训练单标签和多标签分类模型
nullSet.R用于使用genNullSeqs生成GC匹配的负数。 用法：Rscript nullSet.R hg19 bed_file_name_without_the_extension
signal_extraction.py包含用于生成一个热编码序列，添加反向补码，将Satpathy定义的簇分组为8个免疫细胞簇，将称为峰床文件转换为npy文件以进行模型训练和其他中间数据处理方法的代码。
tsv_extract.sh将Satpathy纸张中的原始片段文件转换为SCATE要求的bam文件格式。
联系信息
Snigdha Ag
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