SNP_calling_GATK

SNP_calling_GATK 这是运行GATK调用高质量SNP的逐步步骤，它旨在在集群上运行。 该脚本是通过实施Genome Analysis Toolkit（GATK）而构成的全基因组植物SNP调用管道的一部分。 有关GATK的更多信息，请访问： ://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us 可以在github中找到此管道的详细说明： : 作者：Taslima Haque 上次修改时间：2021年2月12日 请将您的查询发送给作者： 或 它期望什么？ 这是每个脚本的示例标头，它们期望跟随变量： refDir = / work / 02786 / taslima / dbs / PH＃参考基因组文件所在的参考目录 ref = PhalliiHAL_496_v2.0.softmasked.fa＃参考基因组文件的名称 outDir = / scratch