wcs:全细胞模拟器

全细胞模拟器 全细胞模拟器（WCS）旨在提供一种用于模拟全细胞模型（WCM）的计算环境。 WCM是一个全面的多尺度计算模型，代表了细胞中所有已知的生化过程。它依赖于多种细胞内途径模型和组学数据。 技术目标是实现WCM中使用的各种仿真方法的无缝集成，例如随机仿真算法（SSA），常微分方程（ODE），磁通平衡分析（FBA）和基于逻辑的方法。当前，WCS仅实施SSA，在实现该目标方面取得了进展。这些方法可以同时运行，不仅适用于整个途径，还适用于React的子集。此外，我们的目标是在有益时使方法之间能够动态切换。 当前要求： 目标平台：基于Linux的系统 支持c ++ 17的c ++编译器，例如clang ++ 5.0或更高版本，g ++ 7.1或更高版本以及icpc 19.0.1或更高版本 GNU Boost库使用的特定Boost库是graph ， filesystem ， regex和sys