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上传时间: 2021-10-13 10:06:32
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文件大小: 14KB
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文件类型: -
非均匀分簇matlab代码稳定的
Furchtgott等人的MATLAB源代码。
论文,“发现发育过程中细胞状态和状态转换的稀疏转录因子代码。”
(自述文件和正在开发的文档)
该代码包含三个主要功能。
在脚本compute_topologies_and_genes.m中调用这些函数,该脚本提供了典型的工作流程。
compute_integrals.m根据聚类标识和基因表达数据计算数字积分,并返回一个MATLAB结构,其中包含每个数字积分的字段。
process_one_triplet.m使用数值积分为单元格类型的三元组计算拓扑概率。
compute_gene_probabilities.m使用特定的拓扑并使用数字积分,计算三元组细胞类型的基因类别(标记,过渡)的概率。
所有参数均在函数get_parameters()中设置,该函数返回一个MATLAB结构,其中包含每个参数的字段。
当前,必须编辑该功能的实际代码以更改参数的值。
将来最好在带有参数值的文本文件中读取该函数。
给定新数据,从哪里开始,设置哪些参数,等等?
A.输入数据:
tfdata->
log2转换的基因表达数据。
\u884c=