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上传时间: 2022-01-22 21:39:50
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matlab中AIC代码及实例引用库
RefBool-一种基于参考的算法,用于对基因表达数据进行布尔化
要求
RefBool已通过Matlab
2015b进行了测试,并且需要“统计和机器学习工具箱”进行分配拟合。
不需要其他工具箱或第三方功能即可运行RefBool。
用法
RefBool的核心功能是将布尔表达或离散化为基因表达数据的三种状态,并且迄今为止已针对人RNA-Seq和微阵列数据进行了测试。
我们在下面描述获取查询基因离散化表达值的工作流程。
1.确定阈值分布
RefBool要求存在一个参考分布,用于评估表达测量值是否与相应基因的活跃或不活跃状态相关。
这些分布可以通过使用以下输入调用DefineThresholdDistributions.m来获得:
一个m×n矩阵(不是单元阵列!),其中包含m个基因(行),每个基因有n个样本(列)。
该矩阵包含RNA-Seq测量值,基于这些测量值可以确定阈值分布。
DataAccess.txt中的数据集可用于人类RNA-Seq和微阵列数据。
要绘制为近似概率分布的参数分布的引导程序样本数。
我们凭经验确定1000个引导程序样本足以获得接近正