Conidia_Counter:计数分生孢子（或其他颗粒）分布的简单方法-matlab开发

这个应用程序是烟曲霉 3D 分生孢子在肺气道中分布的简单计算器。 它可用于计算荧光标记小鼠肺气道或其他结构中的荧光标记颗粒。 3D 图像可以通过共聚焦显微镜获得。 对于这个应用程序，肺气道必须事先分割成二进制图片。 输入文件： - 包含 3D 分生孢子（或其他粒子）TIFF 文件堆栈的目录带有 3D 堆栈的蒙面肺气道（或其他对象）TIFF 文件的目录输出文件： - 带有计算输出表的 .xls 文件 算法说明： 1. 计算分生孢子通道分割的最佳阈值。 由于不同的肺样本可以有不同的图像强度，分割过程不仅可以分割目标颗粒，还可以分割噪声像素。 因此，分割分生孢子像素的数量取决于所使用的阈值。 这个想法是创建自动分割分生孢子图像的方法，以在不同的肺样本之间实现相似的像素密度。 为此，实现了简单的过滤器来寻找阈值，其中每个像素的相邻像素数量小于指定数量。 已为3D堆栈中的每个图像计算了阈值，然后