matlab中拟合中心线的代码-CATS:CATS聚类算法源代码和操作指南

matlab中拟合中心线的代码猫 CATS聚类算法源代码和操作指南 Jacob Ezerski /休斯敦大学张氏集团 简介：组合平均瞬态结构（CATS）是一种聚类算法，设计用于具有高度动态行为的蛋白质。 可以在原始出版物中找到有关算法和案例研究结果的详细说明：聚类过程需要几个步骤，以将原始轨迹数据减少到聚类中。 与其他聚类算法一样，必须使用聚类坐标（RMSD，Rg，Etc ..）。 通过使用显示高斯分布的坐标，CATS与许多标准算法不同。 任何包含高斯样分布的坐标集都可以用于CATS中的聚类，但是此处包含的代码和本手册的其余部分是使用蛋白质二面角Phi和Psi角度制定的。 程序： 将MD轨迹还原为二面坐标：第一步是从原始轨迹生成二面坐标数据文件。 这可以通过几种不同的方法完成，但是输出格式必须在目标蛋白中每个残基的列中包含phi和psi二面角坐标。 坐标文件的每一行都必须与轨迹中的一帧相对应。 例如：如果您希望使用1000帧的轨迹分析20个残基的蛋白质，则数据文件将包含1000行40列（以空格分隔）。 我们包含了一个TCL脚本，用于使用名为“ getdihedrals.tcl”的VMD