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上传时间: 2022-03-27 15:39:49
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文件大小: 14KB
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文件类型: -
matlab标志函数代码LCV(潜在因果变量模型)
LCV是一种使用GWAS数据推断遗传因果关系的方法。
LCV在Matlab和R中实现。要运行LCV,您将需要LD分数(非分层,祖先与GWAS数据匹配),可以下载。
您还可以使用来计算自己的LD得分。
您还需要带符号的摘要统计信息:效果大小估计值(以每个标准化基因型效果大小为单位)或Z得分。
在源代码中描述了每个功能的用法。
在Matlab和R中有示例仿真脚本,在R中有基于真实数据的示例脚本。
内容:
Matlab
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example_script.m:用于在LCV模型下生成数据并在模拟数据上运行LCV的示例脚本
Simulate_LCV.m:模拟LCV模型下的因果效应大小和摘要统计信息
run_LCV.m:对两个特征的摘要统计信息运行LCV
estimate_k4.m,weighted_mean.m,weighted_regression.m:run_LCV.m的子例程
run_LCV_parallel.m:对两个性状的摘要统计量运行LCV,并跨折刀块进行并行估计。
R
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RunLCV.R:对两个特征的摘要统计信息运行LCV。
调用