互信息计算matlab代码-adjusted_mutual_information:R代码，用于在聚类之间快速且并行地计算调整后的互信息

互信息计算matlab代码计算聚类之间的调整后的相互信息 该存储库包含用于在R中的聚类之间快速且并行地计算调整后的相互信息（AMI），归一化的相互信息（NMI）和调整后的兰德指数（ARI）的代码。 NMI和ARI被广泛使用并且是成熟的分区协议度量标准。 调整后的相互信息度量标准由提出。 它提供了归一化的互信息度量，可通过计算观察到的群集大小分布的分区之间的预期互信息（EMI）来校正随机预期分区重叠的基线值，从而对其进行校正。 有关更多信息，另请参见。 原始作者提供了计算AMI值和其他功能的信息。 该存储库中的代码提供了AMI，NMI和ARI的快速，高效和可并行计算。 它用于特定的生物学应用：在将微生物宏基因组序列数据聚集成（OTU）时评估分区的一致性。 该存储库中提供的数据是针对〜1M序列的集合，根据完整链接或平均链接聚类，将其聚集成OTU。 两个分区都以每行一行（“ otu映射”）和每行一行（“ seq映射”）的格式保存； R脚本中提供了更多详细信息。 重要的是，该代码是通用的，可用于任何类型的聚类数据。 将序列聚类到OTU中只是一个应用示例。