汉明距离matlab代码-mCREATE:创造

上传者: 38512781 | 上传时间: 2022-04-10 08:37:39 | 文件大小: 110KB | 文件类型: ZIP
汉明距离matlab代码创造 用于为 Kumar 等人的多路复用 CREATE 论文生成分析和绘图的示例代码。 (2019)。 代码分为三部分:对齐、变异分析和聚类。 Juypter 笔记本中给出的脚本是“演示”版本,在相关的“example_data”子文件夹中包含示例数据或输入文件。 结盟 先决条件 Alignment 使用 Python 3 和 Jupyter notebooks,并依赖于以下 Python 包: jupyter pepars protfarm Pepars 和 Protfarm 可在其各自的 GitHub 存储库中找到: 辣椒: 农场: 脚本 align_and_export.ipynb 此脚本初始化 Protfarm 数据工作区,下载示例 FASTQ 文件,将它们与模板对齐,并计算和导出计数和浓缩数据。 有关 Protfarm 工作区和扩充的更多详细信息,请参阅存储库。 变异分析 变体分析包含一组脚本,用于对计数和扩充 Excel 表进行操作,这些脚本是通过 Protfarm 对齐和导出数据生成的。 运行这些脚本所需的时间大约为 2-5 分钟,具体取决于数据集

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