Autodock Vina 批量分子对接

【Autodock Vina批量分子对接】 分子对接是生物计算领域中的一个重要技术，它用于预测小分子（如药物候选物）如何与大分子（如蛋白质）结合，这对于药物设计和发现至关重要。Autodock Vina是一款高效且用户友好的分子对接软件，能够自动寻找最优的配体-受体复合物构象，评估其结合亲和力。 在Ubuntu 18.04上安装Autodock Vina和相关的工具包，首先需要确保系统是最新的，通过`sudo apt-get update`更新包列表，然后安装一系列必要的依赖项，包括图形库、Python库等。接着，下载Autodock Vina和MGLTools。MGLTools是Autodock的一套辅助工具，包含了用于处理分子数据的多种程序。 创建一个目录来存放这些软件，并按照以下步骤安装： 1. 安装Open Babel，这是一个多格式的化学转换工具，可以用来处理不同的分子文件格式。 2. 解压并安装Autodock Vina的二进制文件。 3. 安装MGLTools，运行安装脚本`python install.py`进行安装。 4. 修改vina.sh脚本，设置环境变量，确保Autodock Vina和MGLTools的路径被添加到PATH中。 5. 使用prepare_receptor4.py和prepare_ligand4.py脚本预处理受体和配体分子，将其转化为Autodock Vina可读的格式。 6. 使用vina执行分子对接任务，通过配置文件conf.txt控制参数，如CPU数量、搜索空间等。 7. 输出结果通常为pdbqt格式，可以进一步转化为其他格式如sdf，便于后续分析。 【Slurm调度器】 Slurm（Simple Linux Utility for Resource Management）是一种广泛使用的集群作业调度系统，尤其适合高性能计算环境。在安装配置Slurm时，首先需要安装必要的库文件，包括munge服务，用于提供安全的身份验证。启动munge服务并确保其正常运行。 接着，安装Slurm工作负载管理器（slurm-wlm）、Slurm守护进程（slurmd）和Slurm控制器（slurmctld）。这三个组件是Slurm的核心部分，分别负责作业调度、节点管理和整个系统的控制。 配置Slurm的关键在于编写slurm.conf文件，该文件定义了集群的拓扑、资源分配策略和默认参数。在/etc/slurm-llnl目录下创建或编辑这个文件，根据实际的硬件配置和需求进行调整。例如，定义节点名称、节点数量、节点上的核心数、内存大小以及网络配置等。 安装完成后，启动Slurm的服务： 1. 启动slurmctld（控制器）服务。 2. 启动slurmd（节点）服务。 至此，Autodock Vina和Slurm已经安装并配置完成，可以在Slurm调度系统上批量运行Autodock Vina进行分子对接任务，有效利用集群的计算资源，提高研究效率。