通过 DP算法的 A* 加速实现序列比对/Levenshtein 距离的Rust实现_rust_代码_下载

算法 rust

序列比对与 A* 示例这是使用 A* 路径查找来加速动态规划算法的示例，在本例中是序列比对问题，Levenshtein 距离是其中的一个特定实例。 O(n * e^2)与标准的 Levenshtein 距离算法不同，它运行的时间类似于n输入长度和e编辑距离的时间。它通过使用像 A* 这样的启发式算法来仅探索沿网格对角线的有希望的状态，而不是整个O(n^2)网格。对于具有少量编辑的大文件，它比O(n^2)它所基于的简单动态编程算法要快得多，但仍然比专门的和高度优化的全局序列比对程序（如Edlib ）慢得多。不同之处在于我在两个小时内编写了这个，它有 150 行代码，包括测试、调试例程和示例。它是用 Rust 编写的，包含两个示例程序： seqalign：读取 FASTA 格式的基因序列文件并打印对齐距离。 seqalign_plain：读取两个纯文本文件并打印对齐距离。

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