二次从头基因组组装算法_assembly_代码_下载

概述 AlignGraph 是一种软件，它通过在密切相关生物体的参考基因组提供的帮助下重新组装重叠群或支架来扩展和连接它们。 简短的手册 系统要求 AlignGraph 适用于具有 Linux 操作系统的 32 位或 64 位机器。建议使用至少 4GB 的系统内存来组装更大的数据集。 安装 运行 AlignGraph需要对齐器Bowtie2和BLAT / PBLAT / NUCMER（BLAT 的版本应为 v34 或以下）。 要使用 Bowtie2 和 BLAT/PBLAT/NUCMER，请将它们放入您的 $PATH:export PATH=PATH2BOWTIE2:$PATH和export PATH=PATH2BLAT/PBLAT/NUCMER:$PATH. 下载的 AlignGraph.cpp 文件可以用命令编译g++ -o AlignGraph AlignGraph.cpp -lpthread。 输入 双端 DNA 以 FASTA 格式读取。 由任何从头 DNA-Seq 组装器（Velvet、ABySS、ALLPATHS-LG、SOAPdenovo 等）组装的从头重叠