blast.pl 陈连福的生物信息分析Perl程序

Usage: /home/chenlianfu/chenlianfu_scripts/blast.pl [options] BLAST_DB file.fasta > out.txt --tmp-prefix default: blast 设置临时文件或文件夹前缀。默认设置下，程序生成command.blast.list，blast.tmp/等临时文件或目录。 --chunk default: 10 设置每个数据块的序列条数。程序会将输入FASTA文件中的序列从前往后分割成多份，每10条相邻的序列分配到一个FASTA文件中；在blast.tmp/临时文件夹下生成次级文件夹，每个文件夹做多放置10个FASTA文件；每个fasta文件写出一条BLAST命令到command.blast.list文件中；然后程序调用ParaFly进行并行化计算。 请注意：若数据块的数量超过100万个，默认设置下blast.tmp/文件夹中的目录数量太多（超过1万个），导致文件系统运行缓慢，ParaFly程序运行效率低下，无法充分利用服务器计算资源。此时推荐设置--chunk参数值为100。 --blast-program default: blastp 设置运行的BLAST命令，支持的命令有：blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx。 --CPU default: 1 设置并行运行的BLAST程序个数。 --blast-threads default: 1 设置BLAST命令的-num_threads参数值。该参数让每个BLAST命令可以多线程运行。 请注意：--blast-threads参数值和--CPU参数值的乘积不要超过服务器的CPU总计算线程数。 --evalue default: 1e-3 设置BLAST命令的-evalue参数值。 --outfmt default: 5 设置BLAST命令的-outfmt参数值。输出方式。若为5，则输出xml格式结果，若为6或7，则输出表格结果。 --max-target-seqs default: 20 设置BLAST命令的-max_target_seqs参数值。该参数设置BLAST最多能匹配数据库中的序列数量。 -clean 若添加该参数，则在运行程序成功后，会删除临时文件或文件夹。