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批量处理 简单的工作流程即可量化基因水平的RNA丰度并检测大量RNAseq样品中的差异表达基因（DEG）。 管道使用kallisto量化笔录级别的丰度，并使用DESeq2标准化计数和检测DEG。 安装 安装Anaconda或Miniconda，然后conda install snakemake 从下载适当的kallisto参考或自行构建 克隆存储库 在samples.csv描述您的samples.csv 修改config.yaml的设置 （可选）如果计划使用SLURM集群，请在run_pipeline.sh填写#SBATCH指令，并在cluster.json填写out和account字段 （可选）如果要在Singularity环境中运行管道以实现完全可重复性，请安装Singularity。 run_pipeline假定已安装奇点。 如果要使用奇点环境跳过，请删除--use-singul