igv截图
使用 IGV 创建基因组区域的静态屏幕截图。
##精简版
为每个样本创建一个目录,其中包含一个 IGV XML 文件和您希望查看的基因组站点的床文件。
从该目录,使用 bash igvCreateBatchFiles.sh 创建批处理文件
然后,要为 LSF 集群上的每个示例创建屏幕截图,请运行
for i in *.igv;do
bsub -oo err.log -q long -M 12000000 -R 'select[mem>12000] rusage[mem=12000]' "bash ~cmiller/oneoffs/igvCreateSnapshots.sh $i";
done
您的屏幕截图将存储在 SAMPLENAME_snaps 中,看起来类似于下面附加的缩略图。 我喜欢 geeqie 程序可以快速浏览它们。 您可以使用“sudo apt-g
2022-09-08 21:47:28
4KB
Shell
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