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代谢组学数据前处理

python影像组学

多组学数据整合方法的最新进展，张刘超，李爽，随着高通量检测技术的快速发展以及公共组学数据库的使用，有关组学数据的研究越来越多。为解决单一组学类型研究的局限性以及结果

将.raw文件保存为.mat文件的matlab代码。做医学影像的朋友可能会用到。 %输入为： %raw_file：raw文件的全路径 %raw_name：raw文件的带格式文件名 %output_folder：存.mat的目录

使用QFeatures进行蛋白质组学数据分析 这个为期1天的课程将讨论使用Bioconductor QFeatures从蛋白质组学实验中获得的数据的计算分析。 贡献 我们欢迎您为改进本课程而做出的所有贡献！ 如果您在此过程中有任何疑问，疑虑或遇到任何困难，维护人员将竭尽所能为您提供帮助。 我们想请您熟悉我们的《 ，并查看有关正确格式，在本地呈现课程的方式，甚至如何编写新剧集的。 请参阅当前列表，以获取有关对此存储库做出贡献的想法。 为了做出您的贡献，我们使用GitHub流程，该流程在Scott Chacon为Pro Git中章中很好的解释。 寻找标签 。 这表示维护人员将欢迎提出修复此问题的请求。 维护者 本课程的当前维护者是 玛丽亚·德米特（Maria Dermit） 作者 可以在“找到该课程的参与者列表 引文 要引用本课程，请向咨询

影像组学特征提取软件IBEX，包含了许多 分析模块，如图像导入、勾画、预处理和特 征提取。包含了一阶、二阶和高阶的特征提取算法， 已成功应用于不同模态影像的特征提取，涵盖了CT、 PET和MRI，涉及肺癌、食管癌、头颈癌和脑转移瘤 等

Slicer是一款常用于MR等临床数据分析的工具，可以在内部配置python程序，如常用于放射组学提取特征的pyradiomics。

非酒精性脂肪肝疾病（NAFLD）的特征是大量脂质滴（LDs）积聚。 这项研究的目的是确定17β-羟类固醇脱氢酶13（17 beta-HSD13）在我们的肝脏组织学正常且具有简单脂肪变性的人类受试者中新近鉴定出的LD相关蛋白之一在NAFLD发育中的功能。从21例人类肝脏活组织检查样本中分离出来，包括9例肝组织学正常的患者（第1组）和12例单纯脂肪变性的患者（第2组）。 通过2D LC-MS / MS测定了来自第1组或第2组的三个肝脏样品的LD相关蛋白的完整集合。 通过比较有或没有NAFLD的受试者之间的LD相关蛋白谱，在NAFLD患者中发现了54个上调的LD相关蛋白和35个下调的LD相关蛋白。 其中，17β-HSD13代表以前未鉴定的LD相关蛋白，在NAFLD中有明显的上调。 由于17β-HSD家族在脂质代谢中起着重要作用，因此选择17β-HSD13来验证蛋白质组学发现并探索其在NAFLD发病机理中的作用。 在db / db（糖尿病）和高脂饮食喂养的小鼠中证实了肝17β-HSD13的增加及其LD表面的位置。 腺病毒介导的人17β-HSD13肝过度表达在C57BL / 6小鼠中诱导了脂肪肝

不透明红球菌菌株PD630（R. opacus PD630）是一种油性细菌，也是少数几个含有脂质小滴（LDs）的原核生物之一。 LD是脂质存储的重要细胞器，但也是有关能量代谢的细胞间通讯，但细胞细胞器却知之甚少。 为了了解使用简单模型生物的LD动力学，我们对opacus PD630进行了一系列全面的组学研究，包括完整的基因组，转录组和蛋白质组分析。 R. opacus PD630的基因组编码8947个在脂质转运，合成和代谢中显着丰富的基因，表明碳源生物合成和分解代谢具有超强的能力。 来自三种培养条件的比较转录组分析揭示了负责脂质积累的基因改变的表达方式。 LD蛋白质组学进一步鉴定了介导脂质合成，储存和其他生物学功能的蛋白质。 整合这三个组学发现了177种可能参与脂质代谢和LD动力学的蛋白质。 进一步证实了LD结构样蛋白LPD06283影响LD形态。 我们的组学研究不仅提供了对原核LD细胞器的首次综合组学研究，而且还为促进进一步的原核LD研究和生物燃料开发提供了系统平台。